В университете действуют два специализированных Совета по защите кандидатских и докторских диссертаций:
Д 05.31.01 по специальностям:
05.20.02 «Электротехнологии и электрооборудование в сельском хозяйстве»;
05.13.06 «Автоматизация и управление технологическими процессами и производствами»

Д 05.31.02 по специальностям:
05.20.01 «Технологии и средства механизации сельского хозяйства»;
05.20.03 «Технологии и средства технического обслуживания в сельском хозяйстве».